江公忠源回军汉阳，奉旨授安徽巡抚，并谕令楚、皖一体斟酌缓急，相机进剿。时贼已踞安庆，议建庐州为省会。工部侍郎吕文节公贤基在籍办理团练，贼自舒、桐北窜，吕公迎剿阵亡。周文忠公天爵亦卒于家。江公见鄂贼甫退，皖事尤棘，力疾提师北趋庐州。行至六安，病甚。

十一月，奉上谕：宋晋奏曾国藩乡望素孚，人乐为用，请饬挑选练勇，雇觅船只，顺流东下，与江忠源水路夹击，速殄贼氛等语。现在安徽逆匪势甚披猖，连陷桐城、舒城，逼近庐郡，吕贤基业经殉难，江忠源患病，皖省情形危急，总由江面无水师战船拦截追剿，任令贼往来自如，以致逆匪日肆鸱张，该侍郎前奏亦曾筹虑及此。着即赶办船只炮位，并前募勇六千，由该侍郎统带，自洞庭湖驶入大江，顺流东下，与江忠源水陆夹击。该侍郎忠诚素著，兼有胆识，朕所素知，必能统筹全局，不负委任也。钦此。前此寄谕，有肃清江面之语。各省亦苦贼飙忽，公壹以水师为急。所造木簰，既不可用，水师舟舰，无人经见，创为此举，相顾色。公日夜苦思，博采众议。岳州营守备成名标、广西候补同知褚汝航、知县夏銮等，先后奉委抵公行辕。公留置戎幕，遂询知拖罟、长龙、快蟹、舢板各船式，鸠集衡、永工匠，依式制造。公研精覃思，不遗馀力。彭公玉麟、杨公载福来营，公弟国葆亟称两人之才，公拔而用之。广西巡抚劳公崇光委解炮二百尊赴鄂，道出衡州，时田镇防兵已溃，公因截留其炮位并护解之水手，以备教练水师之用。

公以湖南库款不敷提用，其募练之饷，恃劝捐接济。公选派员绅，设局于各州县，不用官牍，以防抑勒。自刊军功执照，用抚藩钤印，自六品至九品，按赀填给。

常宁县土匪起，县城失守，公调千总周凤山、公弟国葆带勇往剿。十一日，贼窜踞羊泉洞，又调张荣组、储玫躬带勇会剿。十四日，陷嘉禾，犯蓝山，又窜踞道州之四庵桥，公又添调邹寿璋、魏崇德带勇往剿。各营与贼战，均有斩获，而储玫躬之功为多。公与巡抚骆公会奏常宁土匪滋事戕官，现已派勇往剿，拿获首要各犯一折。

二十六日，公具折奏言，筹备水陆各勇驰赴安徽会剿，而船炮、水军一时未能就绪。前经奉旨，特派广西右江道张敬修购办夷炮、广炮千尊，并带工匠，自粤来楚。臣专候该道来楚，乃可成行。附片奏请设立水路粮台，提用湖南漕米二三万石，以资军食。又附片奏请经手劝捐之款准归入筹饷新例，随时发给部照，以免捐生观望不前之弊。

公前拟募陆勇六千，本以付江公忠源统带，寻奉旨筹备水师，始建水陆万人大举东征之计。先派江公之弟忠濬带勇一千名赴皖，公则经营战舰，规造炮船二百号，雇民船二百以从其后，船行中流，陆兵则夹江而下。其规画大局如是。庶事草创，经费繁巨，有求弗应，则与巡抚骆公书函往覆。骆公委曲应付，渐以就绪。公尝以蚊虻负山、商距驰河自况；又尝有精卫填海、杜鹃泣血之语。盖公之水师为肃清东南之基本，而是年冬间，最为盘错艰难之会矣。

十二月初一日，委褚汝航至湘潭，分设一厂，监造战船，其衡州船厂委成名标监督之。造船大者快蟹，次曰长龙。又购民间钓钩船修改以为炮船。褚公又依式添造舢板、小艇数十号。两厂之船，往来比较，互相质证，各用其长。潭厂所造，尤坚利矣。

贼船回窜湖北，仍陷黄州。公致书于总督吴公，言今日南北两省，且以坚守省会为主，必俟水师办成，乃可以言剿。湖北巡抚崇纶公奏参督臣闭城株守，奉旨切责，吴公乃出，督师于黄州。吴公遗书于公，其略云：“吾意坚守待君东下，自是正办。今为人所逼，以一死报国，无复他望。君所练水陆各军，必俟稍有把握而后可以出而应敌，不可以无故率尔东下。东南大局恃君一人，务以持重为意，恐此后无有继者。吾与君所处，固不同也。”公得书，深忧之。

骆公秉章调罗泽南等湘勇二营，溯湘而上，会剿土匪。初十日，抵衡州。公与罗公商榷兵事，更定陆军营制，以五百人为一营，每营四哨，每哨八队，亲兵一哨六队，火器刀矛各居其半。每营用长夫百八十人，营官、哨官、队长以至勇夫薪粮，分毫悉经手定。刊立营制数十条，营规亦数十条。自此以后，湘勇转战遍于各省，一依公所定规制行之。

广东协拨鄂饷七万两，委员解楚，道出郴、桂。适永兴土匪起，公乃令罗泽南带勇迎护粤饷，剿捕土匪，平之。

公前奏一疏，于十六日奉到朱批：现在安省待援甚急，若必偏执己见，则太觉迟缓。朕知汝尚能激发天良，故特命汝赴援以济燃眉。今观汝奏，直以数省军务一身克当。试问汝之才力能乎？否乎？平时漫自矜诩，以为无出己之右者，及至临事，果能尽符其言甚好，若稍涉张皇，岂不贻笑于天下？着设法赶紧赴援，能早一步即得一步之益。汝能自担重任，迥非畏葸者比，言既出诸汝口，必须尽如所言，办与朕看。钦此。公于二十一日具疏，逐条陈明：其一，起行之期，必俟粤东解炮到楚，稍敷配用，即行起程。其一，黄州巴河被贼占踞，必先扫荡鄂境江面，乃能赴皖。其一，武昌为金陵上游，贼所必争，目今宜力保武昌，然后可以进剿。其一，臣所练之勇现在郴、桂一带剿办土匪，不能遽行撤回，俟来年正月船炮将齐之时，壹并带赴下游。其后一条奏称，饷乏兵单，成效不敢必，惟有愚诚，不敢避死而已。与其将来毫无功绩，受大言欺君之罪，不如此时据实陈明，受畏葸不前之罪。疏入，奉朱批：成败利钝固不可逆睹，然汝之心可质天日，非独朕知。若甘受畏葸之罪，殊属非是。钦此。

公又具折奏称，衡、永、郴、桂一带，尚有一股会匪剿捕未毕，馀党尚多。此股会匪实为湖南巨患，亦是臣经手未完之件。奉朱批：汝以在籍人员能如是出力，已属可嘉。着知会抚臣剿办，或有汝素来深信之绅士，酌量办理亦可。钦此。

公又因衡阳、清泉两县每用保甲催征钱粮，民户抗欠则追比保甲，而保甲亦包揽为奸，反置团防事于不理。公批饬两县，令但责成保甲稽查土匪，而催征仍责之吏役。亦于是折附片陈奏。奉朱批：此应亟改易者。着知照骆秉章将改办章程速行覆奏。钦此。衡州府、县差役人数甚多，诈索乡闾，倚势作威。公访得恶差数人诛戮之，不少宽贷。公于地方之事，知无不为，意在锄奸宄以安良善，不以侵官越俎为嫌也。

江忠烈公忠源自六安力疾入守庐州府，贼鸠党合围数重。刘长佑、江忠濬等以楚勇往援，及各路援军皆阻隔不得进。十二月十七日，府城陷，江公赴水死之。城中殉难者不能悉纪，候补知府陈公源兖、知县邹公汉勋死尤烈。陈公者，公同年友；邹公者，亦公所推许也。

船厂趱工，岁暮不息，成者过半。二十七日，公自衡州回籍省亲。

是年夏四月，贼党林凤祥自扬州掠众北窜，陷滁州，踞临淮关，复陷凤阳府，遂北窜河南，陷归德，扑开封省城，渡黄河。六月，围攻怀庆府。八月，窜入山西，陷平阳府，复出至临洺关，陷深州。九月，犯天津府，踞静海、独流二城。江南大营向公荣、江北大营琦善公驻两城外，围攻经年，未得一战。内阁学士胜保公率兵追林逆一股，转战数千里，贼势飙忽不可遏。钦差大臣直隶总督讷尔经额督兵败贼于怀庆。贼之窜山西扰畿辅也，山西巡抚以下失守各员与督兵之都统、提、镇大员多获罪。诏授胜保为钦差大臣，逮讷尔经额治罪，特命惠亲王为奉命大将军，科尔沁郡王僧格林沁为参赞大臣，会兵进剿，贼势少蹙。左都御史雷以诚募勇于扬州，创收厘捐，以济军饷。各省厘捐始于此。