康熙皇帝总结了中国军民三十多年来同俄国侵略者进行斗争的经验，制订了周密的计划，进行了细致的准备工作。康熙二十一年（），即平定三藩之乱后的第二年，康熙帝在四月到盛京（沈阳）谒陵后，由抚顺、兴京（今辽宁新宾西）、哈达城（今辽宁西丰东），出柳条边，五月到船厂（今吉林市），航行于松花江上，亲自视察边防情况。同年九月，康熙派副都统郎淡、公彭春率领数百人，以捕鹿为名，到雅克萨附近侦察地理形势和水陆交通。郎淡等回到北京后报告说，“攻取罗刹（清朝对俄国人的称呼）甚易，发兵三千足矣”，并建议立即采取行动。康熙没有同意这种单纯从军事上考虑的意见，认为必须作更为充分的准备，先在黑龙江（今黑龙江黑河东南）和呼玛尔（今黑龙江呼玛河口）两地建城驻兵，贮存粮食，修造船只，筹划屯田，开辟驿路，以求战而能胜、胜而能守。

康熙二十二年（）夏天，第一批古塔官兵一千人在副都统萨布素率领下到达瑷珲（今黑龙江黑河南）。次年秋，又有乌喇宁古塔官兵及增派的达斡尔官兵一千人，携带家属到黑龙江屯田驻守。这两批军队共有两千人，是守卫边境、对俄作战的主要力量。清军到达瑷珲后，即在黑龙江东岸古城的废墟上建立城堡，城名黑龙江，设将军驻守，萨布素担任第一任黑龙江将军。

清军进驻黑龙江后，在当地人民的配合下，拔除了俄军在黑龙江中下游的许多侵略据点，收复了大片中国领土。但清朝统治集团并不是单纯采取军事手段，每次战斗都先礼后兵，派人进行政治劝说，表明只要俄军停止侵略，就愿意同俄国保持和平。而俄国方面则野心不死，准备顽抗到底。俄国政府将黑龙江地区殖民占领的军事机构作了全盘调整，任命熟悉情况并以精悍骁勇著称的弗拉索夫和托尔布津分别担任尼布楚和雅克萨的督军，增调援兵，贮存粮食物资，构筑工事，加固城防，准备赖在这里，长期盘踞下去。清廷除了用武力驱逐侵略者以外，已没有其他选择了。

康熙二十四年（）六月，清军进抵雅克萨，先遣返俄俘费咬多里等三人入城，带去了两件公文：一件是康熙致沙皇的信，一件是清军都统彭春给雅克萨俄军的咨文，要求俄军立即撤离中国领土，对侵略者发出最后警告。

六月二十三日，清军统帅部移至雅克萨城下与俄方对话，但俄军头子托尔布津却出言不逊，并故意挑衅。

二十四日，清军列阵，包围雅克萨。

二十五日，有一队俄军从黑龙江上顺流而下，企图冲进雅克萨，被清军拦截，在江面上展开激战，毙伤俄军四十多人。接着，清军又架起大炮，向雅克萨猛烈轰击，城内到处起火，俄军伤亡惨重，心胆俱裂，走投无路。清军多次把劝降信射入城内，投降条件十分宽大，俄军只要撤出雅克萨，保证不再重来，就可以保全性命，并允许俄军带走自己的武器和财物。至此，托尔布津无可奈何，只好竖起了降旗。清军准许七百多名俄国人撤出雅克萨，并把他们送到额尔古讷河口。另有巴什里等四十五名俄军不愿回国，要求留在中国，随清军回到瑷珲。雅克萨据点内还有一百六十多名被俄军扣押为人质的中国索伦族、巴尔虎族人民，全部获得释放。第一次雅克萨战斗以俄军的战败、投降和撤出雅克萨而告终。

托尔布津率领俄军从雅克萨退到尼布楚，但侵略的野心不死，仍想卷土重来。这时，由俄国政府委派的一名普鲁士军官拜顿率领六百名援军抵达尼布楚。同时，他们打听到，清军战胜后已全部撤回了瑷珲，并没有在雅克萨留兵驻守。因此，托尔布津和拜顿立即率领俄军八百多人又重新占领了雅克萨，并全力构筑城堡工事，妄图负隅顽抗。

康熙二十五年（）七月，清廷不得不再次出兵，萨布素率清军二千余名进抵雅克萨。先释放了俄俘鄂克索木果，令他带信入城，再一次警告俄军：“你们又偷偷返回，重建城堡，据守其中。还欺凌我方渔民猎户……今我大军已兵临城下，绝对不会轻易舍弃。尔等对此应有清醒的认识。你们将被逐出，无力卷土重来，结局便是如此。”但俄军自以为兵多粮足，负隅顽抗，频繁出城攻击。而清军士气高昂，又有当地各族群众帮助，屡次挫败出城掠战的俄军。在战斗开始以后的几天内，就打死了一百多个侵略军官兵，俄军头子托尔布滓也中炮毙命。